Beskrivning

Detta projekt har utvecklat metoder och verktyg för att
förbättra förmågan att kunna dra konklusiva slutsatser vid analys
av prover med okänt innehåll som kan innehålla smittämnen
associerade med allvarlig sjukdom. Projektet har använt sig av den
nya generationens DNA sekvenseringsteknologi och ett stort fokus
har lagts vid att utveckla och utvärdera dataanalysmetoder för att
ge bästa möjliga beslutsunderlag. Speciellt har fokus lagts på att
kunna skilja på högriskorganismer och de betydligt mindre farliga
nära släktingar som finns spridda i vår omgivning och som kan
skapa stora beslutssvårigheter vid bedömningen av resultaten.
Detta har gjorts genom att genomsignaturer identifierats som med
stor tillförlitlighet signalerar att alvarliga smittämnen finns
närvarande. Projekt har skapat verktyg som ökat vår förmåga att,
vid en oklar hotbild med misstanke om biologiskt hot, kunna göra
en tillförlitlig förutsättningslös analys av prover som ställer en
öppen fråga "vad finns i provet", snarare än en serie specifika
frågor "finns det detta i provet?, finns det detta i provet?,
finns det detta i provet?, etc... Vidare har fokus lagts vid att
skapa en så komplett lösning som möjligt, dvs, från provtagning,
till sekvensering, till dataanalysen, till tolkningen, till
rapporteringen och framförallt visualiseringen av resultaten.